Poprzednio pisaliśmy, że ok. roku 1240 powstał Kościół pw. św. Mikołaja, późniejsza katedra. Niedługo potem, w kwietniu 1246 roku przybyli do Elbląga dominikanie otrzymali od mistrza krajowego krzyżackiego Hermanna Balka pozwolenie na budowę klasztoru i kościoła, któremu przyznano wezwanie Najświętszej Maryi Panny. Po wielu wiekach świątynia ta zaadaptowana została na potrzeby kultury i sztuki, stając się Galerią El.

Warto już na samym początku podkreślić, że dominikanie, którzy otrzymali pozwolenie na budowę świątyni, byli jedynym zakonem żebraczym (tzn. utrzymującym się z pracy i dobrowolnych datków, nie uznającym posiadania dóbr doczesnych - przyp. red.), któremu pozwolono wówczas na osiedlenie się w Elblągu. Miało to miejsce prawie dekadę przed rozpoczęciem budowy kościoła i klasztoru, w 1238 r. Wówczas otrzymali tzw. akt lokacyjny od Hermanna Balka, mistrza krajowego krzyżackiego.

Na miejsce budowy kościoła wyznaczono teren w płn.-zach. części miasta (na jego obrzeżach, stąd dziś w pobliżu dawnego kościoła znaleźć można fragmenty muru obronnego- przyp. red.). Budowę świątyni rozpoczęto w daw lata po otrzymaniu pozwolenia. Na początku powstało prezbiterium, czyli miejsce, w którym mogli przebywać wyłącznie duchowni. Później dobudowano dla nich pomieszczenia mieszkalne i zakrystię i jedną nawę (miejsce dla wiernych - przyp. red.). Dopiero w XIV wieku świątynię powiększono o kolejną nawę  i powiększono prezbiterum.

I poł. wieku XVI to okres, gdy w naszym mieście zauważyć można było coraz większy wpływ reformacji (ruchu religijnego, którego głównym założeniem była odnowa chrześcijaństwa - przyp. red.). Ok. roku 1540 kościół NMP opuszcza ostatni dominikanin. Odtąd świątynia staje się najważniejszym ośrodkiem religijnym dla ewangelików elbląskich.

W czasie drugiej wojny światowej w 1945 roku, świątynia została poważnie uszkodzona. W latach 60. kościół został odbudowany a następnie zaadoptowany na centrum sztuki współczesnej. Na ścianach i posadzkach znaleźć można płyty nagrobne i epitafia pochodzące m.in. z XVII i XVIII wieku. Od kilkudziesięciu lat w zabytkowych wnętrzach odbywają się wystawy, przedstawienia i koncerty.