Monitoring wód Zalewu Wiślanego prowadzony jest od 1993 roku. Zasady jego przeprowadzania regulują stosowne dokumenty, jak np. umowa między rządem Rzeczpospolitej Polskiej i rządem Federacji Rosyjskiej o współpracy w dziedzinie ochrony środowiska sprzed 22 lat. Dostrzeżono stopniowe pogarszanie się jakości wód Zalewu. Jaka może być tego przyczyna?

Średnio co roku Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztynie Delegatura w Elblągu wydaje raport odnośnie stanu środowiska województwa warmińsko mazurskiego. uwzględnia on m. in. wyniki badań powietrza, gleby i wód (rzek, jezior i tzw. wód przejściowych). W raporcie z 2008 roku, w rozdziale, poświęconym Zalewowi Wiślanemu, badacze zwrócili uwagę na to, iż jeszcze w latach 90. w tym akwenie występowało bardzo wysokie stężenie bakterii E Coli. Jej liczba malała do roku 2004, by w kolejnych latach znów wzrosnąć (ostatni pomiar wykonano przed siedmioma laty).

W latach 2007 i 2008 stan wód Zalewu określano jako zły. Badania z lat 2010 - 2012 wykazały jedynie poprawę pod względem chemicznym, ocena ekologiczna w dalszym ciągu była zła. Podobnie w roku 2013.

Ostatnio w mediach pojawiła się informacja odnośnie przyczyn zanieczyszczenia Zalewu Wiślanego. Zdaniem dziennikarzy "Naszego Dziennika" winę za to ponoszą oczyszczalnie ścieków z Obwodu Kaliningradzkiego. Gazeta powołuje się na raport organizacji Transparency International, w którym zawarto informację o przeprowadzonych badaniach dot. środowiska. Wynika z nich, że przez wspomniane oczyszczalnie w wodach Zalewu niebezpiecznie podnosi się stężenie siarczanów, węglowodorów i amoniaku.

Sprawą zainteresował się były Minister Środowiska, Jan Szyszko, który uznał ją za ważną ze względu  na to, iż zmiany w środowisku, spowodowane wspomnianymi zanieczyszczeniami, mogą być nieodwracalne lub niezwykle trudne do naprawienia.